ประวัติความเป็นมา
       “โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร" มีจุดเริ่มต้นจาก “ศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ เป็นโครงการที่จัดตั้งขึ้นเพื่อรองรับการดําเนินงานของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ซึ่งถือกําเนิด ณ วันที่ ๑๘ มกราคม ๒๕๓๗ ต่อมาศูนย์วิจัยฯ แห่งนี้ เปลี่ยนชื่อ เป็น “สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ” และเริ่มให้บริการ การรักษาพยาบาล แก่ประชาชน ในพ.ศ. ๒๕๕๔

       ด้วยเหตุที่เป็นสถาบันให้บริการและวิจัยด้านสุขภาพ สถาบันฯ จึงสร้างและประดิษฐาน พระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ผู้ทรงเป็น “บิดาแห่งการแพทย์ไทย” และสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ผู้ทรงมีคุณูปการต่อ การพยาบาลและสาธารณสุขของไทย ณ ด้านหน้าอาคารสถาบันฯ เมื่อวันที่ ๒๐ สิงหาคม ๒๕๕๖ ทั้งนี้ นับเป็นสิริมงคลแก่ชาวสถาบัน และมหาวิทยาลัยนเรศวร ที่ได้รับพระเมตตาคุณจาก สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จมา ทรงเป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์พระราชานุสาวรีย์

       นอกจากนี้ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้มีพระมหากรุณาธิคุณ โปรดเกล้าฯ พระราชทานนามอาคารฯ ว่า “อาคารสิริธร” พร้อมพระราชานุญาตให้อัญเชิญ พระนามาภิไธย “ส.ธ." กํากับ ทั้งเสด็จมาทรงเป็นประธานในพิธีเปิดอาคารและเปิดพระราชานุสาวรีย์ เมื่อวันที่ 9 ธันวาคม ๒๕๕๖

       ในพ.ศ. ๒๕๔๘ สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ ได้ปรับเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร" เพื่อดําเนินพันธกิจอย่างสมบูรณ์ในการให้บริการสุขภาพแก่นิสิต ข้าราชการ เจ้าหน้าที่และประชาชนในเขตภาคเหนือตอนล่าง

       ก้าวที่สําคัญอีกก้าวหนึ่งคือการรวม“โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"ให้อยู่ในความดูแล ของคณะแพทยศาสตร์ เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม ๒๕๕๘ ทั้งนี้ เพื่อให้ระบบการเรียนการสอนนิสิตแพทย์ และการให้บริการสุขภาพสอดคล้องและสนับสนุนกัน ทั้งทําให้สามารถใช้โรงพยาบาลเป็น ศูนย์แพทย์หลักสําหรับการเรียนการสอนนิสิตแพทย์ระดับชั้นคลินิกได้อย่างสมบูรณ์และมีประสิทธิภาพ ดังได้ดําเนินการมาถึงปัจจุบัน

    ทำเนียบผู้อำนวยการ
    จากศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร จนถึงโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวรมีรายนามผู้อำนวยการดังนี้

    โครงการจัดตั้งศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร

    ศาสตราจารย์นายแพทย์ทองจันทร์ หงศ์ลดารมภ์

    16 กรกฎาคม พ.ศ. 2539 – 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2542

    รองศาสตราจารย์นายแพทย์สุจินต์ อึ้งถาวร

    5 พฤศจิกายน พ.ศ. 2542 – 21 ธันวาคม พ.ศ. 2542

    นายแพทย์ ดร.ภูดิท เตชาติวัฒน์

    22 ธันวาคม พ.ศ. 2542 – 18 สิงหาคม พ.ศ. 2543

    สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร

    นายแพทย์ ดร.ภูดิท เตชาติวัฒน์

    19 สิงหาคม พ.ศ. 2543 – 15 มกราคม พ.ศ. 2547

    นายแพทย์องอาจ เลิศขจรสิน

    16 มกราคม พ.ศ. 2547 – 25 มีนาคม พ.ศ. 2548

    โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร

    นายแพทย์องอาจ เลิศขจรสิน

    26 มีนาคม พ.ศ. 2548 – 15 มีนาคม พ.ศ. 2550

    ศาสตราจารย์นายแพทย์ ดร.ศุภสิทธิ์ พรรณารุโณทัย

    16 มีนาคม พ.ศ. 2550 – 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2550

    ผู้ช่วยศาสตราจารย์แพทย์หญิงพิริยา นฤขัตรพิชัย

    1 สิงหาคม พ.ศ. 2550 – 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2557

    ศาสตราจารย์นายแพทย์ศิริเกษม ศิริลักษณ์

    1 สิงหาคม พ.ศ. 2557 – ปัจจุบัน